Razglednica iz Cambridga: Raziskovanje metod za prostorsko transkriptomiko na Univerzi v Cambridgu

Piše: Matej Jelenc

Deset tednov, ki sem jih preživel na oddelku za računalništvo in tehnologijo Univerze v Cambridgeu pod mentorstvom prof. Mateje Jamnik, se je izkazalo za izkušnjo, ki me je oblikovala tako strokovno kot osebno, in je predstavljala pravi preizkus samostojnosti v povsem novem okolju. Moje raziskovalno delo povezuje umetno inteligenco in biologijo, osredotoča pa se na prostorsko transkriptomiko – vrsto tehnologij, ki merijo, kateri geni so v tkivu dejavni, in kje v tkivu je bila posamezna meritev opravljena. S pojavom vedno večjih podatkovnih zbirk so se pojavili tako imenovani temeljni modeli: velike nevronske mreže, vnaprej naučene na več milijonov celic, ki skušajo zajeti biološko pomembne vzorce v izražanju genov.

Kljub svoji velikosti ti modeli pogosto ne prekašajo osnovnih in preprostih metod. Ker za merjenje transkriptomskih podatkov obsatja veliko različnih tehnologij in je teh še vedno razmeroma malo, ostaja nejasno, kako dobro ti modeli v resnici delujejo. Zato sem se lotil študija obstoječih modelov in razvoja testnega orodja, ki jih pošteno in zanesljivo ovrednoti na različnih tehnologijah in biološko relevantnih nalogah. Ob tem je primerjava teh modelov s pristopi z drugih področij strojnega učenja porodila nekaj obetavnih idej za gradnjo boljših modelov v prihodnosti.

Delo v skupini prof. Jamnik je bilo zame velik vir navdiha. Hvaležen sem za vse usmeritve, povratne informacije in tedenske pogovore, ki so oblikovali moje delo. Projekt še poteka in naše sodelovanje se bo nadaljevalo na daljavo. Obisk mi je pomagal zrasti kot raziskovalcu in vzpostaviti trajna poznanstva s kolegi iz tujine.

Zunaj raziskovalnega dela sem večino prostega časa preživel z drugimi tujimi študenti, s katerimi smo se ukvarjali s športom ter raziskovali Cambridge in njegove kolidže. Večkrat sem se odpravil tudi v London, kjer sem obiskal muzeje in galerije, si v IMAX-u ogledal Odisejo Christopherja Nolana in si privoščil ogled studia Warner Bros., v katerih so posneli filme o Harryju Potterju. Po nenavadnem naključju sem v Cambridgeu spoznal enega od svojih slovenskih sošolcev. Tri leta sva obiskovala ista predavanja, prvič pa sva spregovorila šele, ko sva se srečala v mestnem središču.

Življenje in delo v tako raznoliki mednarodni skupnosti bom še dolgo nosil s seboj. Iskreno se zahvaljujem prof. Jamnik in njeni skupini za topel sprejem in za vse, kar sem se od njih naučil, ter ekipi ASEF za priložnost, ki mi jo je omogočila.