Domen Pregeljc, štipendist ASEF generacije 2022, o svojem raziskovalnem obisku v San Franciscu

Domen Pregeljc, štipendist ASEF generacije 2022, je nedavno zaključil 10-tedenski raziskovalni obisk v laboratoriju prof. Andreja Šalija na Univerzi Kalifornija, San Francisco.

Med bivanjem se je Domen učil o integrativnem modeliranju z uporabo IMP, platforme za integrativno modeliranje, razvite v Šalijevem laboratoriju. Z namenom sestavljanja čim bolj popolnega modela se pri integrativnem modeliranju vključijo informacije iz različnih eksperimentov in računalniških modelov. Domen se je učil o strukturnem modelu SARS-CoV-2 Nsp2 in človeškega proteinskega kompleksa Rap1Gds1, za izdelavo katerega so vključili podatke iz krioelektronske mikroskopije, masne spektrometrije, poskusov kemičnega navzkrižnega povezovanja in napovedi AlphaFold. Identifikacija strukture kompleksa bi lahko imela pomembne posledice, saj je omenjeni protein potencialna tarča zdravila, vendar njegova funkcija ostaja večinoma neznana.

V prostem času je Domen raziskoval Bay Area, kar je vključevalo obisk zloglasnega mostu Golden Gate, ulice Lombart, Fisherman’s Wharf, Painted Ladies in še veliko več. Obiskal je tudi nacionalni spomenik Muir Woods ter univerzo Stanford.

Domen je hvaležen prof. Andreju Šaliju, da ga je sprejel v svojem laboratoriju in z njim delil svoje strokovno znanje. Prav tako bi je hvaležen ASEF-u, da mu je omogočil priložnost raziskovalnega obiska preko ASEF štipendijskega programa.